Assassin's Creed Shadows permite a los jugadores elegir entre dos protagonistas: Naoe, una femenina shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico. Esta elección ha generado una discusión entre los fanáticos preocupados por el contenido potencialmente faltante al centrarse en un solo personaje.
El director creativo Jonathan Dumont asegura a los jugadores que priorizar a un protagonista no conducirá a un contenido perdido significativo. Si bien cada personaje presenta secuencias de apertura únicas y arcos de historia personal, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. El propio Dumont juega el juego con un enfoque equilibrado, cambiando entre Naoe y Yasuke cada pocas horas. Sin embargo, enfatiza que los jugadores son libres de centrarse en su personaje preferido sin temor a perderse elementos de la historia cruciales o experiencias de juego. El juego central y la narrativa siguen siendo accesibles independientemente del protagonista elegido. Él alienta a los jugadores a simplemente jugar como más disfrutan.
