Assassin's Creed Shadows permet aux joueurs de choisir entre deux protagonistes: Naoe, une femme Shinobi et Yasuke, un samouraï africain historique. Ce choix a généré une discussion parmi les fans préoccupés par le contenu potentiellement manquant en se concentrant sur un seul personnage.
Le directeur créatif Jonathan Dumont assure aux joueurs que la priorité à un protagoniste ne mènera pas à un contenu manqué significatif. Alors que chaque personnage présente des séquences d'ouverture uniques et des arcs d'histoire personnelle, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Dumont lui-même joue le jeu avec une approche équilibrée, passant entre Naoe et Yasuke toutes les quelques heures. Cependant, il souligne que les joueurs sont libres de se concentrer sur leur personnage préféré sans craindre de manquer des éléments cruciaux ou des expériences de gameplay. Le gameplay de base et le récit restent accessibles quel que soit le protagoniste choisi. Il encourage les joueurs à jouer simplement comme ils apprécient le plus.
