O Assassin's Creed Shadows permite que os jogadores escolham entre dois protagonistas: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico. Essa escolha gerou discussão entre os fãs preocupados com o conteúdo potencialmente perdido, concentrando -se em um único personagem.
O diretor criativo Jonathan Dumont garante aos jogadores que priorizar um protagonista não levará a conteúdo perdido significativo. Enquanto cada personagem apresenta sequências de abertura exclusivas e arcos de histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. O próprio Dumont joga o jogo com uma abordagem equilibrada, alternando entre Naoe e Yasuke a cada poucas horas. No entanto, ele enfatiza que os jogadores são livres para se concentrar em seu caráter preferido, sem medo de perder elementos cruciais da história ou experiências de jogabilidade. A jogabilidade principal e a narrativa permanecem acessíveis, independentemente do protagonista escolhido. Ele incentiva os jogadores a simplesmente jogar da maneira que mais gostam.
