Assassin Creed Shadows cho phép người chơi lựa chọn giữa hai nhân vật chính: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một samurai châu Phi lịch sử. Sự lựa chọn này đã tạo ra cuộc thảo luận giữa những người hâm mộ quan tâm đến nội dung có khả năng bị thiếu bằng cách tập trung vào một nhân vật duy nhất.
Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đảm bảo với người chơi rằng ưu tiên một nhân vật chính sẽ không dẫn đến nội dung bị bỏ lỡ đáng kể. Mặc dù mỗi nhân vật có các chuỗi mở đầu độc đáo và các câu chuyện cá nhân, câu chuyện của trò chơi thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Bản thân Dumont đóng vai trò chơi với cách tiếp cận cân bằng, chuyển đổi giữa Naoe và Yasuke cứ sau vài giờ. Tuy nhiên, ông nhấn mạnh rằng người chơi có thể tự do tập trung vào nhân vật ưa thích của họ mà không sợ bỏ lỡ các yếu tố câu chuyện quan trọng hoặc trải nghiệm chơi trò chơi. Trò chơi cốt lõi và tường thuật vẫn có thể truy cập bất kể nhân vật chính được chọn. Anh ấy khuyến khích người chơi chỉ cần chơi theo cách họ thích nhất.
