Assassin's Creed Shadows membolehkan pemain memilih antara dua protagonis: Naoe, seorang shinobi wanita, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah. Pilihan ini telah menghasilkan perbincangan di kalangan peminat yang berkenaan dengan kandungan yang berpotensi hilang dengan memberi tumpuan kepada satu watak.
Pengarah Kreatif Jonathan Dumont menjamin pemain yang mengutamakan satu protagonis tidak akan membawa kepada kandungan yang tidak dijawab. Walaupun setiap watak mempunyai urutan pembukaan yang unik dan arka cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dumont sendiri memainkan permainan dengan pendekatan yang seimbang, beralih antara Naoe dan Yasuke setiap beberapa jam. Walau bagaimanapun, beliau menekankan bahawa pemain bebas memberi tumpuan kepada watak pilihan mereka tanpa takut kehilangan elemen cerita penting atau pengalaman permainan. Permainan teras dan naratif tetap boleh diakses tanpa mengira protagonis yang dipilih. Dia menggalakkan pemain hanya bermain dengan cara yang paling mereka sukai.
